Rockerul îşi cunoscuse viitoarea soţie, pe Ali, pe când avea 12-13 ani, într-o şcoală protestantă. Întâi amici, cei doi au început să fie împreună pe la 16 ani, pentru a se căsători la 22 de ani. Ali a fost cea care a avut grijă de Bono după moartea mamei lui, ea îi gătea şi îi spăla. În timp ce Bono a început o carieră în muzică, Ali a obţinut o diploma în politică şi sociologie la Dublin.
Cei doi au patru copii: două fiice, Jordan (născută în mai 1989) şi Memphis Eve (iulie 1991), si doi fii, Elijah Patricious Q Guggi (august 1999) şi John Abrahams (mai 2001).
În ciuda celebrităţi sale, Bono e mai puţin popular în propria casa. Alison s-a declarat deranjată de modul de viaţă al sotului ei. Nu fiindcă ar fi geloasă, ci din cauza absenţei lui, concertele şi actiunile umanitare ţinându-l mult timp departe de ai lui. La fel ca si sotul său, Alison este o militantă a drepturilor omului, luptând pentru anularea datoriilor ţărilor din lumea a treia şi atrăgând atenţia asupra exploatării prin muncă a copiilor.
Un aspect inedit al vietii cantăreţului este pasiunea sa pentru proprietăţi imobiliare, soţia sa chiar glumind atunci cand a fost întrebata de ce nu candidează la preşedintia Irlandei,. Ea a declarat că nu doreşte ca soţul ei să locuiască într-o casă mai mică.
Bono si Alison locuiesc împreună cu cei patru copii în nord-vestul localităţii de coastă Killiney, din sudul provinciei Dublin, recunoscută de mult ca zonă rezidenţială, unde sunt vecini cu Dave Evans, colegul de trupă al lui Bono, Enya şi Van Morrison.
Casa familiei este un palat alb, în stil italian, cu vedere largă la golful Dublin, încadrat de un peisaj care îmbină muntele cu marea.
Două dintre piesele celor de la U2 îi sunt dedicate lui Alison: "The Sweetest Thing" – o piesă pe care Bono i-a făcut-o “cadou” pentru că uitase de aniversarea ei pe durata înregistrarii albumului “The Joshua Tree”, şi "All I Want Is You".
