Cauza decesului a fost pneumonie bronhiala din cauza SIDA. Freddie Mercury a continuat sa inregistreze in studio pana cu o luna inainte de a muri in noiembrie 1991.
In ultimul sau an de viata, Queen era la apogeul succesului, albumul Innuendo intrand in topurile britanice pe locul intai si vanzand 250,000 de copii doar in prima saptamana de la lansare.
Desi nu participase de ani de zile la slujbe religioase, inmormantarea lui Freddie a fost facuta de un preot zorostrian. Cantaretul Elton John si membrii ramasi din trupa Queen au luat parte la inmormantare. El a fost incinerat la cimitirul Kensal Green, iar cenusa sa a fost imprastiata pe malurile lacului Geneva, langa Montraux, Elvetia, locul unde Freddie si-a petrecut ultimii ani din viata.
Prin testament, Mercury i-a lasat lui Austin jumatate din avere, iar cealalta jumatate parintilor sai si surorii lui. El i-a mai lasat bucatarului sau 500.000 £, 500.000 £ asistentului, 100.000 £ soferului, si 500.000 £ partenerului sau Jim Hutton. Mary Austin, cea careia Freddie i-a compus piesa “Love of My Life”, a mostenit casa acestuia, unde locuieste acum impreuna cu familia sa.
In primavara anului 1992, membrii Queen au fondat The Mercury Phoenix Trust si au organizat The Freddie Mercury Tribute Concert pentru prevenirea SIDA. Concertul, care a avut loc pe Wembley Stadium in fata a 72,000 de oameni, a inclus nume mari din lumea muzicii, precum: Robert Plant, Extreme, Elton John, Metallica, David Bowie, Annie Lennox, Tony Iommi, Guns N' Roses, Elizabeth Taylor, George Michael, Def Leppard si Liza Minnelli. Concertul a fost transmis in 76 de tari si a inregistrat o audienta de peste 1 miliard de telespectatori.
